Le premier château remonte au Xe siècle. Jean sans Terre y séjourne le 12 mars 1194 et le 23 décembre 1203.
Il ne reste rien de ce premier édifice, auquel succède un château féodal que la famille de Courcy élève à partir de 1330. Le donjon de 17 mètres coiffé d'une poivrière et les deux tours datent de cette époque. Le reste est rasé en 1559 par les nouveaux propriétaires, la famille de Pirou, succédant à six générations de Rohan.
« Les avant-corps que l'on trouve en entrant ont été construits en 1641 par les Jallot de Beaumont ». Une poterne défend l'entrée. Le château est entouré de douves en eau.
Le château est confisqué à la famille de Berruyer en octobre 1792. Il est restitué en 1814 à ses propriétaires, de retour d'émigration, ruinés.
En 1842, le château est acheté aux sœurs de Berruyer par une certaine dame Lambert et son fils, pour 100 000 F or. Convaincue qu'un trésor se cache dans sa nouvelle demeure, Aglaë Lambert, née Marmion, commence en 1846 à détruire des parties importantes du château, sans rien trouver. Les dégâts sont considérables : les deux corps de bâtiment qui reliaient le château au donjon et à la grande tourelle sont rasés ; la chapelle Saint-Jean est endommagée et la façade elle-même est « mutilée ». Ruinée, Mme Lambert voit ses biens saisis en 1849 et vendus aux enchères pour 91 100 F. Les acheteurs sont le marquis Médéric de Chivré et son épouse, née Alix Doynel de la Sausserie, qui mourront dans le lieu, respectivement en 1881 et en 1907.
Le château est occupé par l'armée allemande pendant la Seconde Guerre mondiale : 400 soldats y logent. Le maréchal Rommel y séjourne en mai 1944.
Le 8 décembre 1954, le baron Nadal de Montfort, alors directeur adjoint de la Mutualité agricole des Pyrénées-Orientales, et sa femme Régine, achètent le château de Gonneville. « J'ai acheté pas cher quelque chose qui ne valait rien », assure-t-il. Le couple habite le château en 1983. Des travaux de restauration importants y sont entrepris, qui dureront plusieurs décennies. « Pour acheter ce château et l'entretenir, il nous a fallu de l'inconscience, de la persévérance et un peu d'orgueil », confie le baron de Montfort.
Il est inscrit au titre des monuments historiques le 27 septembre 1972 : donjon carré et deux tours circulaires (14e), châtelet à pont-levis (14e/16e), logis (18e).
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